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小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯

在世界大战的火种点燃的昭和12年秋，帝国陆军的结城中佐在暗中设立了间谍养成部门“D机关”。与以纯粹的军人为尊的陆军风潮相反，被选为机关员的是，在东京或京都的一般大学毕业，能够平静通过超人的选拔测试的年轻人们。他们在拥有魔术师般智略的结城中佐手下，炸药和无线电的使用方法、汽车和飞机的操纵方法自不必说，甚至包括盗窃和打破金库的技能，具备在间谍活动中必要的各种技术，并出发前往任务地点。“不要死，不要杀人”——对于以不引人注目为宗旨的间谍来说，自杀或杀人是最糟糕的选项这样的D机关受到陆军中枢部的猛烈反抗，即使如此

在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（英国陆军情报六局，即军情六处）、德国的BDN、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI（美国联邦调查局）的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察（公安调查厅）及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在

新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端……发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈。犯人再次向那里打电话，“工藤为什么没来！”那家伙是从哪里观察的？！随后，凶手连续发来炸弹预告。炸弹究竟被安在了哪里？城市陷入了恐慌。面对步步逼近的时限，柯南有办法解决吗？

他为了能够死亡，选择了侦探之路……时值2030年代。聚集于谜之侦探·明智小五郎身边的「少年侦探团」，他们凭借着自己的行动力，解决了许多大大小小的事件。某一日，成员之一的花崎健介与谜之少年·小林芳雄相遇了。由于「不明雾霭」而成为了“死不了”体质的小林，渴望着自身的死亡，拒绝着与他人的接触。对着这样的小林抱有了兴趣的花崎，向小林提案「加入『少年侦探团』吗」。小林与花崎，他们的相遇终是与世纪罪犯·怪人二十面相和明智小五郎之间的因缘相缠结，他们两人的命运就此转动…

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。　第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳

NEO一直研究的是不老不死，这次，他决定对phoenix的隐藏能力出手。而在第四季中，继续寻找古代秘宝的JOKER在小星制造的宝石的光芒的引导下前进。故事中将解明古代秘宝、phoenix和小星的谜团。