由于在现实生活中太过不顺，加上空地也无法玩耍，大雄和他的伙伴小夫、胖虎和静香决定进行史上最大规模的离家出走。同时，由于发生时空错乱，一名名叫古古儿的远古时代中国人来到20世纪的东京，后被大雄等发现，带到七万年前。原来古古儿所在的光明族被黑暗族侵略，而黑暗族的首领是来自未来世界的巨尊比，他妄图改变世界历史，但是在时光巡逻队的协助下，最后巨尊比的阴谋破产，而古古儿和他的部族来到了日本，成为日本人的始祖。舞台在七万年前的中国。

在家长重重压力下想要离家出走的大雄、胖虎、小夫和静香，在哆啦A梦的协助下来到了七万年前的地球。在创造属于自己的世外桃源时，他们偶遇神秘少年古古儿，继而被卷入了光明族和黑暗族的部落争斗之中。大家齐心协力智斗巨尊比，不想却发现了一个惊天秘密……