《魔法少女奈叶ViVid》以奈叶收养的女孩薇薇欧为主人公，讲述了“JS事件”之后，刚进入魔法学校初等科的她在掌握了魔法基本知识后，收到了奈叶和菲特赠送的专用法器“神圣之心”；而另一边，自称为“霸王”的神秘人物英格瓦尔特，正准备掀起一股新的波澜……

经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。

奈叶（田村由香里配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈配音）

平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里配音）与好友月村铃鹿（清水爱配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥

“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当

阿米蒂埃和琦莉耶还有她们的家人从小就过着幸福的生活，但随着厄立特里亚慢慢的毁灭，其父患上不治之病而去世。父亲的去世使得琦莉耶受很大的打击，然后琦莉耶开始讨厌其姐姐并对付她。与此同时，奈叶、菲特还有疾风