男孩托马斯在电梯中醒来，奇怪的是他除了名字之外什么都记不得。当电梯打开，他来到了一个陌生的地方“林间空地”。这里四周被高大的石头墙包围着，墙内住着许多男孩，有纽特、查克、米诺等人，他们都被困在迷宫里，而墙外还有一群巨大的怪兽威胁着。一天，电梯为他们送来了一个女孩特雷莎，她是来这里的第一个女孩。此后，迷宫逐渐开始发生变化，一切都陷入了混乱中，托马斯和特雷莎决定一起走上破解迷宫之路，找出迷宫背后令人不寒而栗的秘密。

《移动迷宫3》作为系列最终章，沿袭系列一贯以来的劲爆动作戏和快节奏跑酷风，主要讲述迪伦·奥布莱恩饰演的托马斯率领的好莱坞“跑男团”在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。