目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...

约翰尼•布雷泽本是摩托车特级演员，当他发现父亲身患癌症之时，他与恶魔梅菲斯特签订了契约。他自己变身幽灵车神，为恶魔服务。对恶魔的要求言听计从的约翰尼，白天是星光灿烂的特级明星；夜间一身皮装、身体化为骷髅、身披布满刺钉的战袍，开动摩托车，替恶魔追捕那些穷凶极恶之人。但约翰尼渐渐发现，最大的恶变是梅菲斯特，他开始在正义与邪恶之间游走。爱人洛克希安妮令约翰尼鼓起勇气，他心中做出了一个决定。

在消灭108名恶路程式的三个月后，泊进之介（假面骑士驰骑）与诗岛雾子因接受调查频发异常现象的命令，而来到“不可思议现象研究所”所在的大天空寺院与月村朱里及御成等人进行接触。不过这时天空寺尊（假面骑士灵骑）为夺回被上级眼魔偷取的幽灵眼魂而战斗，但进之介因看不见眼魔而误会对方故意玩闹，后来加上诗岛刚（假面骑士冥骑）与深海诚（假面骑士魂骑），及进之介这时拿到冥骑驱动炎变身参战之下更混成一堆，此时朱里使用“不知火”让眼魔现身才打破这个乱局，四人继而合作将敌人击倒并夺回眼魂。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

距今45年前，初代假面骑士——本乡猛（藤冈弘饰）诞生于世。历经将近半个世纪的斗争，本乡的足迹早已遍布全球。当他听说一名女子正陷入危机中时，当机立断赶回了祖国日本。原来修卡盯上了一个名叫立花麻由的女孩子

目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...